卓秉恬自20岁考中进士做官起，便一直在京城任职，直到年老致仕。但每一次朝廷派他到地方巡查，他都尽职尽责，实情呈奏，极力为地方百姓鼓与呼。
嘉庆十八年(1813)，卓秉恬任山东道监察御史，他赴山东道巡查发现，这片区域盗风盛行，根本原因是官府的捕役与民间的盗贼狼狈为奸：捕役常从盗贼身上坐收渔利，而捕厅又取财于捕役，公然给捕役下任务，要求捕役每月上缴一定钱款，称之为“月规”。反过来，盗贼因向捕役缴纳钱款，便依仗捕役为“护身符”，盗窃行为更甚。当百姓有财物被盗而告官时，官方往往不予理睬，盗贼也因此对告官者更加痛恨，对告官者加倍实施盗窃行为，弄得百姓叫苦连天。这种官盗勾结，在山东道比比皆是，尤其是直隶省的大名、沧州，河南省的卫辉、陈州，山东省的曹州、东昌、武定，江苏省的徐州最为普遍。为此，卓秉恬上疏朝廷，建议直隶省每保每甲地查，其他省份交由各省最高长官亲自督查办理，朝廷采纳了他的建议。
任山东道监察御史期间，卓秉恬也十分关注运河的河道运输。他曾奏报朝廷说，微山湖水向来接济韩庄八闸和江苏邳州一带运河，一到湖水短缺年份，通往江苏的运河即告枯竭。为改变这种情况，就需要山东、江苏两省加强跨区域协调，做好各闸水量调节工作，保持运河畅通。同时，他利用山东地下泉眼丰富的优势，不辞辛劳，亲自勘察泰安、兖州各地泉源，共探测出新泉43处，以保证运河在枯水期有各地泉水补充。
作为四川人的卓秉恬，涉及四川的民事，他非常关心。嘉庆二十五年(1820)的一天，他了解到陕西经四川到湖北，有连绵数千里的巴山老林，即从陕西宁羌由南往东、经四川至湖北保康一带，由于土地贫瘠，所交粮赋也极少，无业游民给地主不多的钱，就可租上数沟数岭来种，一旦遇上不好的年份缺少收成，佃农便又搬到其他地方去种。由于百姓流动性大，一遇干旱或水涝年份，百姓歉收，民乱四起，州县也因为地方辽阔、莫能追捕为由，各地互相隐瞒不报。直到酿成大案，才上奏朝廷，然此时已难以控制。加之事联三省，朝廷大员下来办案时，往返三省调查，等到各州县奉旨办理时，常常是几个月后的事了。为此，卓秉恬向朝廷上疏建议，在巴山老林的关键地带设立相应官署，专设大员控制。
然当年嘉庆皇帝逝世，道光皇帝即位后，阅此疏奏，对卓秉恬的建议很是赞同。
道光十三年(1833)，卓秉恬已任大理寺少卿一职。其间，陕西省已被免职的原任盐知事徐登元上京控告安康知县王以铭侵吞赈款，朝廷便命卓秉恬与刑部官员赴陕西查办。经过一番认真审查，卓秉恬最终查明，徐登元所控，多系诬告，而王以铭办赈报销前后不符，城堤各工程失误，并在地方滥行苛派，建议将徐王二人分别治罪，以振纲纪，最终也得到朝廷的批准。因性鲠而忠、廉洁公允，卓秉恬深得道光皇帝的赏识，不久又相继升任太仆寺卿、宗人府丞。道光十五年(1835)，又升任礼部侍郎。
此后十年间，更是卓秉恬为官生涯的高光时刻，他先后任左都御史、兵部尚书、户部尚书、吏部尚书等职，道光二十四年(1844)，拜文渊阁大学士，晋武英殿。其间的1840年，鸦片战争开始，已作兵部尚书的卓秉恬对国民食鸦片深切痛恨，在他和诸多大臣的推动下，清廷共颁布了严禁鸦片的39条法令。道光二十五年(1845)3月，他参与研究江防海防要务，为防范英国军利用内河对中国内陆朝廷侵略，他提出“将士用命”和“慎选文武”：将士是否用命，“全恃平日恩威，见敌如何决机，尤在临时措置。如果随机应变，协力同心，则自海人江，层层门户，不难制其死命”;“慎选文武”，是稳定地方、安定军心民心的“第一要务”，应认真办理。朝廷也接受了他的建议。
咸丰五年(1855)9月，卓秉恬在京城病逝，享年七十四岁，清廷赠他太子太保，谥号“文端”。从青年为官，到年老病逝，卓秉恬几乎一直在京城任职，历官嘉庆、道光、咸丰三朝共54年，人称“官场不倒翁”，后世则评价他“有古大臣任事之风”。编辑：郭梦涵
